Los científicos dicen que el USDA está compartiendo muy pocos datos y con demasiada lentitud sobre la influenza H5N1

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Cuando el Departamento de Agricultura de Estados Unidos anunció el domingo por la noche que había hecho públicos nuevos datos de su investigación sobre los brotes de influenza aviar en el ganado, los científicos buscaron con entusiasmo una plataforma bien conocida utilizada a nivel mundial para compartir secuencias genéticas de virus.

Las secuencias no estaban ahí. Hasta el martes por la mañana, no lo eran.

Los investigadores que buscan seguir la evolución y propagación del virus H5N1 dicen que la información publicada (datos sin procesar en un servidor estadounidense) no es muy útil y no es nada transparente. También dicen que la divulgación de información por parte del gobierno sobre el brote, que se confirmó en el ganado hace aproximadamente un mes, ha sido dolorosamente lenta.

Después del anuncio del domingo El Dr. Rick Bright, inmunólogo del USDA e investigador de vacunas que dirigió la Autoridad de Investigación y Desarrollo Biomédico Avanzado de 2016 a 2020, dijo que se comunicó de inmediato con sus contactos en la base de datos, llamada Iniciativa Global para Compartir Todos los Datos de Influenza, o GISAID, para hacer Seguro que no se le pasó nada por alto.

“Le dije: Mira, sólo dime: ¿Tienes datos?” “Y dijeron que no”, dijo Bright.

Después de verificar incluso partes de la base de datos donde las personas pueden publicar borradores de secuencias antes del lanzamiento público completo, el Dr. Lucas Freitas, un científico de datos brasileño que lidera la regulación GISAID, confirmó que el USDA no ha publicado nuevas secuencias desde su anuncio. .

«No perderemos esta oportunidad», afirmó Peter Bogner, fundador y presidente de GISAID. «Para empezar, H5 es la razón por la que surgió GISAID. Levanta las antenas».

La cepa de influenza aviar H5N1, altamente patógena, ha diezmado las poblaciones de aves en todo el mundo y, en los últimos años, se ha propagado a una gama cada vez mayor de mamíferos, lo que genera preocupación de que esté un paso más cerca de convertirse en un virus que pueda propagarse eficientemente entre humanos.

Cuando el USDA confirmó el descubrimiento del H5N1 en vacas lecheras de Texas y Kansas el 25 de marzo, la noticia puso en alerta a los expertos en enfermedades infecciosas, ansiosos por obtener más información para saber cómo había cambiado el virus para atacar a un nuevo huésped. Servicio de Inspección de Sanidad Animal y Vegetal del USDA, o APHIS, Dice que ahora se ha encontrado H5N1 en 32 rebaños en ocho estados.

Pero han pasado semanas y se han compartido pocos datos sobre el brote en Estados Unidos con la comunidad científica mundial.

en eso aviso Publicado el domingo, APHIS dijo que había compartido 239 secuencias genéticas del brote de H5N1 “de ganado, gatos, pollos, zorrillos, mapaches, mirlos y gansos”.

La agencia dijo que «publica rutinariamente» en el sitio web de GISAID, pero en aras de la transparencia pública y «para garantizar que la comunidad científica tenga acceso a esta información lo más rápido posible…» también estaba «compartiendo rápidamente» las secuencias en una base de datos estadounidense mantenida por la agencia. Biblioteca Nacional de Medicina.

El anuncio sugirió a muchos científicos que la información se encontraría en GISAID, que existía Esto es crucial para seguir la evolución del virus que causa el COVID-19 a medida que avanza por el mundo. Muchos países, incluido Estados Unidos, utilizan GISAID para compartir rápidamente secuencias genéticas: la disposición precisa de cuatro componentes químicos que forman los planos de cada virus.

En cambio, el USDA ha subido los datos de secuencia sin procesar, llamados archivos FASTQ, a la base de datos de la Biblioteca Nacional de Medicina, que está disponible al público. Sin embargo, estos archivos FASTQ carecen de información importante necesaria para ayudar a los científicos a rastrear la evolución del virus, como la fecha exacta en que se recolectó la muestra y el estado del que proviene.

Los científicos utilizan datos sin procesar cuando rastrean la evolución de un virus, pero también suelen utilizarlos en coordinación con el tipo de información que normalmente se entrega a GISAID: secuencias de consenso, conocidas como archivos FASTA, que han sido redactadas y eliminadas de la contaminación y los virus. errores. Las secuencias de consenso suelen proporcionar más información sobre dónde y cuándo se recolectó la muestra, lo que ayuda a los investigadores a comprender mejor cómo cambia el virus con el tiempo.

Los investigadores dicen que no está claro cuándo se tomaron las muestras que forman la base de los datos iniciales. Las únicas fechas publicadas dicen «2024» y las ubicaciones solo figuran como «EE. UU.». No hay información sobre cómo se obtuvieron las muestras, si provienen o no de hisopos del tracto respiratorio del animal. piel o en cualquier otro lugar.

En respuesta a preguntas enviadas por correo electrónico por CNN, el especialista en asuntos públicos del USDA, Shilo Weir, dijo que la agencia publicó los datos sin procesar en el servidor de EE. UU. para acelerarlos y dijo que la agencia trabajaría rápidamente para enviar secuencias formateadas a GISAID.

«APHIS normalmente publica datos de secuencias seleccionados en la plataforma GISAID. Sin embargo, para hacer públicos los datos de secuencias lo antes posible, APHIS ha subido estos archivos de datos de secuencias no analizados al NCBI», escribió Weir en la respuesta por correo electrónico.

“Estas secuencias no serán seleccionadas antes de su publicación, pero este enfoque nos permitirá el camino más rápido para publicar información sobre secuencias. APHIS continuará trabajando lo más rápido posible para publicar archivos formateados en GISAID que incluyan y analicen información epidemiológica relevante junto con la secuencia. datos”, dijo Ware.

Tampoco está claro si la última versión representa todos los genomas existentes de la agencia.

El Dr. Michael Worobey, profesor de ecología y biología evolutiva de la Universidad de Arizona, dijo que el USDA está cometiendo un error al no compartir toda la información que tiene lo más rápido posible.

«Existe toda una comunidad en todo el mundo de personas como yo y mis colegas que tenemos mucha experiencia en esto y que a menudo pueden ver cosas o hacer análisis que podrían mostrar algo que otros no han notado», dijo Worobey.

«Básicamente, no queremos que un grupo sea el único que analiza los datos. Queremos que todos, todos los expertos de todo el mundo, puedan hacer esto», añadió Worobey.

El Dr. Tom Inglesby, director del Centro Johns Hopkins para la Seguridad de la Salud en la Escuela de Salud Pública Bloomberg, dijo que la publicación de los datos preliminares por parte del USDA fue un paso en la dirección correcta, pero no fue lo suficientemente lejos.

“La información adicional será muy útil para el público y los científicos, las agencias de salud pública y las organizaciones de investigación para comprender todos los datos que se han recopilado hasta ahora, qué granjas se han probado, cuándo se han probado, cuál es la estrategia general de muestreo. Es decir, ¿qué tipo de pruebas se están realizando actualmente en todo el país?

“Ahora que sabemos que hay vacas asintomáticas que dieron positivo, ¿cuál es la estrategia para comprender hasta qué punto las vacas asintomáticas están infectando a otros rebaños? Porque creo que el objetivo más importante aquí es obtener una imagen completa del brote. »

Los virus de la influenza cambian rápidamente y han causado algunas de las pandemias más devastadoras de la historia.

“Lo que estamos viendo ahora es el primer capítulo de “El libro que mantiene despiertos a personas como yo y a muchos otros epidemiólogos y científicos de enfermedades infecciosas”, dijo el Dr. Michael Mina, director científico de la empresa de telesalud eMed y experto en epidemiología, inmunología y propagación de enfermedades infecciosas.

La pandemia de Covid ha sido mala, pero Mina dijo que la pandemia provocada por este virus podría ser peor.

“El genio aún no ha salido de la botella, y eso es algo bueno”, dijo Mina, pero dadas las posibles consecuencias de permitir que el virus se propague sin control, “es un poco difícil sugerir que podemos hacer mucho en este momento. »

Los científicos han seguido el virus H5N1 durante casi dos décadas mientras se propagaba a poblaciones de aves domésticas y silvestres. Más recientemente, mamíferos marinos. Como los leones marinos, pero la propagación de persona a persona después del contacto con animales ha sido intermitente y no sostenida, lo que sugiere que el virus no ha mutado lo suficiente como para volverse completamente patógeno para los humanos. ha pasado Sin evidencia De persona a persona en el brote actual en Estados Unidos, según los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades de Estados Unidos.

Sin embargo, los humanos se han infectado después de entrar en contacto con animales, un recordatorio escalofriante de que el virus continúa persiguiéndonos y requiere una estrecha vigilancia.

“Es muy importante que el gobierno de Estados Unidos sea lo más transparente posible en este momento, hipertransparente y comparta todas estas secuencias y todos estos datos para que el mundo pueda verlos y hacer sus propias evaluaciones de riesgos y comiencen a hacer sus propias evaluaciones de riesgos”, dijo Bright. «Necesitan una vacuna si la necesitan en sus países en lugar de esperar a que Estados Unidos diga qué es bueno y qué es malo», dijo, quien es director ejecutivo de Bright Global Health en. Washington DC.

“¿Qué diremos si este virus en particular se sale de control?” dijo brillante. ¿Vamos a mirar atrás a los últimos dos o tres meses y decir: Ojalá hubiéramos hecho otra cosa; Ojalá fuéramos más transparentes. ¿Ojalá compartiéramos todas estas secuencias para que el mundo pudiera prepararse para esto?